Navnet er første gang gengivet i 1427 som Ygdrup, i 1432 som Jigdrup og 1544 som Ydrup. I matriklen i 1688 bliver det til Jyderup.

Sidste del af navnet er den letteste. Den betyder torp ligesom i tusindvis af andre danske landsbyer på -rup, -trup eller -strup. Et torp var en (lille) udflytterlandsby, der som regel blev opkaldt efter en person. Her hed han sandsynligvis Yggi eller Ygge, hvilket på oldnordisk også betød frygt.

Yderup, der formentlig stammer fra vikingetiden (800-1050 e.Kr.), har ikke altid hørt til Borum-Lyngby.

Oprindelig hørte den til True Sogn, der blev nedlagt i 1600-tallet (men i 1980erne genopstod som Skjoldhøj Sogn). Da fulgte Yderup Ejerlav med til Brabrand Sogn, indtil det i 1811 blev lagt til Lyngby Sogn.

Helt ind i 1900-tallet betalte de fire gårde i Yderup dog nannest eller tiende-afløsning (“kirkeskat”) til Brabrand.